La Vicerrectoría de Investigación e Innovación (VII) es una unidad creada en el 2006 para servir a las necesidades de investigación, existentes y futuras de la PUCMM, y para promover las colaboraciones interinstitucionales en las áreas académicas, de investigación y servicio. En cuanto a la investigación, la misión de esta Vicerrectoría es estimular y fortalecer la práctica de la investigación científica y la innovación en la institución, fundamentándose en los estándares éticos que regulan estas actividades y proporcionando el apoyo necesario para la difusión y transferencia del conocimiento.
Para los fines anteriores, esta Vicerrectoría cuenta con un Consejo asesor y un Comité científico-ético que orientan y regulan las actividades de investigación que se realizan en la institución. Además, existen dos unidades de investigación, que colaboran con la planificación de los programas de investigación, la promoción de la investigación en la Universidad y que ofrecen los servicios que se requieren para hacer una gestión eficiente de esta labor en la Institución.