Con el objetivo de atender necesidades sociales y de desarrollo de manera específica, la PUCMM cuenta con los siguientes centros especializados de investigación.
Centro de Investigación de Biología Molecular Dr. Salomón Jorge
Centro de Investigación en Educación y Desarrollo Humano (CIEDHUMANO)
Centro Universitario de Estudios Políticos y Sociales (CUEPS)
Centro de Estudios Urbanos y Regionales (CEUR)
Centro de Estudios Económicos y Sociales Padre José Luis Alemán
Centro de Estudios Caribeños
Centro de Estudios Europeos
Consorcio de Educación Cívica
