Con el objetivo de atender necesidades sociales y de desarrollo de manera específica, la PUCMM cuenta con los siguientes centros especializados de investigación y extensión.
Centro de Investigación en Educación y Desarrollo Humano (CIED-HUMANO)
Centro Universitario de Estudios Políticos y Sociales (CUEPS)
Centro de Estudios Urbanos y Regionales (CEUR)
Centro de Estudios Económicos y Sociales Padre José Luis Alemán
Centro para la Prevención y Resolución de Conflictos (CEPREC)
Centro de Excelencia para la Investigación y Difusión de la Lectura y Escritura (CEDILE)
Centro Internacional para la Innovación en Tecnología y Administración (CITAM)
Centro de Estudios Caribeños
Consorcio de Educación Cívica
Centro de Estudios del Mar (CEM)
Centro de Investigación y Estudios de la Religión (CIER)
