Con el objetivo de atender necesidades sociales y de desarrollo de manera específica, la PUCMM cuenta con los siguientes centros especializados de investigación y extensión.
Centro de Investigación de Biología Molecular Dr. Salomón JorgeDirector: Dr. Sergio Mosquera
Centro de Investigación en Educación y Desarrollo Humano (CIEDHUMANO)Directora: Lic. Ramira Altagracia Disla Rosario
Centro Universitario de Estudios Políticos y Sociales (CUEPS)Directora: Dra. Ramonina Brea
Centro de Estudios Urbanos y Regionales (CEUR)Directora: Arq. Daritza Nicodemo
Centro de Estudios Económicos y Sociales Padre José Luis AlemánDirector: Dr. Fernando Ferrán
Centro de Estudios CaribeñosDirector: Dr. Antonino Vidal
Centro de Estudios EuropeosDirector: Dr. Carolina Renata Armenteros
Consorcio de Educación CívicaDirectora: Dra. Aida Consuelo Hernández Bonelly